黑石顶自然保护区位于广东省封开县中南部，属云开山系，地理坐标为23°25′~23°29′N，111°49′~111°55′ E，北回归线横穿保护区中部向北联通南岭山地，西南通过彼此相连云开山脉、六万山脉和十万山脉与中南半岛相联系；保护区处于热带亚热带过渡地区，雨热资源充沛。地理区位和环境条件优越。

保护区总面积4200.0hm2，其中核心区2201.7hm2，缓冲区338.3hm2，实验区1660.0hm2。最高峰黑石顶，海拔927.4m。 区内谷幽涧深，地形复杂，森林茂密，生物资源丰富。

黑石顶自然保护区物种多样性。

根据中山大学的初步调查成果并综合香港嘉道理农场的快速调查报告，目前在保护区内已经记录的大型真菌40科102 属230种；蓝藻类植物9科28属126种，苔藓植物34科59属80多种，蕨类植物30科56属100多种，种子植物约160科600属 1900多种；昆虫15目118科670属1000多种；野生鱼类4目7科18种，两栖类1目6科22种，爬行动物2目12科44种，鸟类14目 42科 122种（保护区原有资料136种），兽类6目13科26种（保护区原有资料44种）。
黑石顶自然保护区保存众多珍稀濒危物种。

在所记录的物种中，有珍稀濒危和列为国家Ⅰ、Ⅱ级重点保护物种多达52种。包括孓遗植物大黑桫椤、黑桫椤和苏 铁以及蟒蛇、穿山甲、大灵猫、小灵猫、白鹇和褐林鸮等。

黑石顶自然保护区是重要的模式产地。

黑石顶自然保护区是重要的模式生物产地。在黑石顶被发现的新物种多达39种。其中，大型真菌2个新种，蓝藻类植 物5个新种，苔藓类植物1个新种，高等植物15个新种；昆虫13个新种。

黑石顶自然保护区是不可多得的地带性生物物种基因库和生态系统平衡观测实验室。
黑石顶的植被是我国北回归线上最具代表性的地带性植被之一，保存着多样性山地混合森林植被和珍贵稀有生物物种资源，其南亚热带湿润常绿阔叶林生态系统在全国范围内或生物地理上具有突出的代表性，是不可多得的地带性生物 物种基因库和生态系统平衡观测实验室。在我国自然保护区网络中占有不可替代的重要地位。

黑石顶保护区是科学研究、生物学教学实习基地。

1986年，国家教委（现教育部）委托中山大学在黑石顶自然保护区建立了“热带、亚热带森林生态系统实验中心” 。30多年来，中山大学、华南农业大学、中科院华南植物园、香港嘉道理农场暨植物园等数十所高等院校、科研单位以及美、英、日等十几个国家的专家、学者纷纷前来考察和进行科学研究，取得了丰硕的成果。黑石顶自然保护区也是中 山大学、肇庆学院等高校生物学野外教学实习基地和肇庆市科普教育基地，每年有约300人次学生前来进行野外生物学实习。

科学研究是黑石顶保护区主要职能之一。

保护区领导和科技人员历来十分重视保护区科研工作，从1979年起依靠自身技术力量独立或与外单位协作完成的科研项目达数十项，对保护区的发展起到了积极作用。

黑石顶保护区的科研规划目标

近期目标（2006～2007年）：完成珍稀物种和种群的分布范围、数量调查，编制相应的分布图，建立自然资源和科 研信息档案。

中期目标（2008～2010年）：完成珍稀植物人工繁育和生物资源持续利用技术研究，建立生态定位观测站和野生动物保护站。

远期目标（2011～2015年）：扩大国内和国际交流，把保护区建成一个国际性的自然保护区科研合作基地。

到本规划期末，把黑石顶自然保护区建成科研机构健全、设备完善、专业齐全、科技人员稳定、具有较高科研水平的科技队伍。